Zdravotné komplikácie pri celiakii vznikajú najmä vtedy, ak sa pacient s celiakiou nelieči vhodnou diétou. Pri celiakii môžu chýbať vitamíny a prvky ako vápnik a iné potrebné zložky, čo sa následne prejaví ako osteoporóza, anémia a podobne.
Anémia je porucha prenosu kyslíka tkanivám.